体系建立和实施中常见问题：
     领导重视不够：领导的重视和参与是企业建立和有效实施管理体系的关键。这里所说的领导重视不够，是指食品企业的管理者没有把管理体系的重视落实到行动上，没有使管理体系在组织的各层次得到贯彻执行。由于领导重视和参与不够，使得整个组织的人员对体系的作用认识不足、学习不够，导致体系的文件规定得不到有效的执行，使体系和组织的实际管理要求出现了“ 两张皮”。
     培训不足：许多企业的食品安全管理人员没有受到系统、有效、经常性的食品安全管理体系知识的培训。笔者在审核过程中，经常遇到许多人员不知道体系文件规定的情况。这种培训的欠缺，导致食品企业建立的食品安全管理体系缺乏符合性和适宜性，也导致实际操作偏离文件规定的情况时有发生。
     专业人员缺乏：目前，食品企业不仅存在招工困难的问题，而且还突出地存在缺乏掌握食品安全、食品检测和管理体系要求知识的专业人员的问题。食品企业由于受种/养殖基地的限制，大多位于乡村或城郊，因受生活条件的影响，食品企业很难招到相关专业的高学历人员。企业保持和实施已建立的管理体系所需的合格的内审员更是缺乏。
     体系持续改进性欠缺：由于存在以上问题，使得有些食品企业很难进行一次像样的内部审核，普遍存在内部审核不深入、走过场的现象，难以发现体系运行中存在的问题，改进体系更无从谈起；即使在内部审核时发现了问题，也往往只是纠正，而不能够采取有效的纠正措施或预防措施，造成体系的有效性大打折扣。
     实验室检测能力低： 除了大型的食品企业外，许多小型企业实验室不健全，缺乏检测设备和检测人员。产品合格与否经常依赖官方的抽检或委托检验等，阻碍了体系要求的日常监测工作的开展实施。

  体系运行中常见问题：
  一、可追溯系统没有建立或产品的可追溯性不能实现。
  二、没有对产品召回程序进行详细策划，建立的召回程序过于简单，可操作性差，也没有进行模拟演练以对程序合理性和可操作性进行验证。
  三、应急准备和响应程序中对应急情况的识别不到位，防止应急情况发生和发生时应急措施的制定不到位，没有将文件要求的内容对员工进行培训，也没有在可行时进行演练。
 四、设备管理等文件没有考虑食品安全方面应注意的事项，如为防止食品污染，对设备维修后油污清理工作的要求没有体现等。
 五、文件和记录的控制不符合要求，表现为文件未经批准就使用、作废文件与现行文件并存、找不到文件及记录、记录不按照规定分类存档、不按照规定期限保存、没有规定记录保存期限等。
 六、计量器具的管理不符合要求，表现为不按照要求定期检定/校准、校准方法没有科学依据、不标明计量器具的校准状态等。